Navigacija

22MMDB - Molekularna dijagnostika sa bioinformatikom

Specifikacija predmeta
Naziv Molekularna dijagnostika sa bioinformatikom
Akronim 22MMDB
Studijski program Biohemijsko inženjerstvo i biotehnologija
Modul
Nastavnik (predavač)
Nastavnik/saradnik (vežbe)
Nastavnik/saradnik (DON)
    Broj ESPB 4.0 Status predmeta izborni predmet
    Uslovljnost drugim predmetom Oblik uslovljenosti
    Ciljevi izučavanja predmeta Sticanje znanja o molekularnim tehnikama baziranim na genetskom materijalu koje se koriste za identifikaciju mikroorganizama
    Ishodi učenja (stečena znanja) Nakon kursa student će posedovati teorijska znanja o molekularnoj osnovi za sistematiku živih bića, teorijska i praktična znanja o primeni 16/18 S rRNK molekula za identifikaciju organizama, teorijska i praktična znanja o molekularnim tehnikama za analizu kompleksnih mikrobnih ekosistema u hrani, vodi i u drugim biološkim sistemima.
    Sadržaj predmeta
    Sadržaj teorijske nastave Teorijske osnove o sistematici živih bića baziranoj na DNK sekvencama, potom i prednosti molekularnih metoda za analizu (kompleksnih) mikrobnih ekosistema. Akcenat predmeta je na objašnjenu principa i interpretaciji podataka dobijenih pomoću sledećih molekularnih tehnika: izolacije nukleinskih kiselina, tehnike Pi-Si-Ar; detekcije na osnovu ligacije, hibridizacije sa DNK probama na ćelijskom nivou ili na platformama DNK čipovima, tehnike profilisanja poput tehnike gel elektroforeze u prisustvu gradijenta denaturišuće komponente. Predmet će takođe dati osnove za bioinformatičke analize koje uključuju pretraživanje javnih baza podataka i poređenje i identifikaciju DNK sekvenci.
    Sadržaj praktične nastave Praktičnu nastavu čine laboratorijske vežbe koje uključuju primenu nekih od teorijski izučenih molekularnih tehnika za dijagnostiku model ekosistema. Bioinformatičke vežbe uključuju analizu 16S ili 18S rRNK sekvenci u softverskim paketima ClustalX, R i ARB, pretraživanje javnih baza podataka i multivarijantna statistička obrada podataka.
    Literatura
    1. L Bromham: An Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetics 2nd UK ed. Edition (2016) Oxford University Press, ISBN-13: 978-0198736363
    2. M Osborn, C Smith: Molecular Microbial Ecology (Advanced Methods) (2007) Taylor & Francis, ISBN-10: 1859962831
    3. SR Head, P Ordoukhanian, DR Salomon: Next Generation Sequencing, Methods and Protocols (2018) Springer Science+Business Media, LLC, ISBN: 978-1-4939-8507-4
    4. Skripte sa poredavanja
    Broj časova aktivne nastave nedeljno tokom semestra/trimestra/godine
    Predavanja Vežbe DON Studijski i istraživački rad Ostali časovi
    1 1 1
    Metode izvođenja nastave Predavanja, praktična nastava (laboratorijske i bioinformatičke vežbe).
    Ocena znanja (maksimalni broj poena 100)
    Predispitne obaveze Poena Završni ispit Poena
    Aktivnosti u toku predavanja 20 Pismeni ispit
    Praktična nastava 20 Usmeni ispit 60
    Projekti
    Kolokvijumi
    Seminari